A Mendelian randomization study on the causal association between social stress and tinnitus onset
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摘要:目的
基于两样本孟德尔随机化方法探讨社会压力与耳鸣发病之间的因果关系。
方法从全基因组关联研究(GWAS)数据库中分别获取社会压力、耳鸣相关遗传数据, 筛选出相互独立且与社会压力高度相关的单核苷酸多态性(SNP)作为工具变量,以耳鸣作为结局变量。分别采用逆方差加权法(IVW)、加权中位数法和MR-Egger回归法进行孟德尔随机化分析。采用MR-Egger回归法的截距项评估水平多效性,采用Cochran's Q统计量评估异质性,并采用留一法进行敏感性分析。
结果社会压力数据包含459 742例样本,耳鸣数据包含117 882例样本,共筛选出10个与社会压力密切相关的SNP作为工具变量。随机效应IVW分析结果显示,社会压力与耳鸣发病存在因果效应(OR=1.251, P=0.036)。随机效应IVW、加权中位数法、MR-Egger回归法的分析结果相似(OR=1.251、1.274、1.438), 表明社会压力为耳鸣的危险因素,两者之间存在正向因果效应,且结果不存在异质性及多效性。
结论社会压力与耳鸣发病存在因果关系,或可为未来耳鸣的临床防治提供新思路。
Abstract:ObjectiveTo explore the causal relationship between social stress and tinnitus onset using a two-sample Mendelian randomization approach.
MethodsGenetic data pertaining to social stress and tinnitus were extracted from genome-wide association studies (GWAS) databases. Single nucleotide polymorphisms (SNP) that were independent and strongly correlated with social stress were selected as instrumental variables, with tinnitus serving as the outcome variable. Mendelian randomization analyses were performed using inverse-variance weighted (IVW) method, weighted median method, and Mendelian randomization-Egger regression. The intercept term from Mendelian randomization-Egger regression was utilized to assess horizontal pleiotropy, Cochran's Q statistic was employed to evaluate heterogeneity, and leave-one-out analysis was conducted for sensitivity assessment.
ResultsThe social stress dataset encompassed 459, 742 samples, while the tinnitus dataset comprised 117, 882 samples. A total of 10 SNPs tightly associated with social stress were identified as instrumental variables. The analysis results of random-effects inverse variance weighting (IVW), weighted median method, and Mendelian randomization-Egger regression were similar (OR=1.251, 1.274, 1.438), indicating that social stress was a risk factor for tinnitus, and there was a positive causal effect between them, with no heterogeneity or pleiotropy in the results.
ConclusionThere is a causal relationship between social stress and tinnitus onset, which may offer novel perspectives for the clinical prevention and treatment of tinnitus in the future.
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结直肠癌是男性第3大常见癌症和女性第2大常见癌症[1], 有约40%患者会死于结直肠癌[2], 故亟需探寻基于结直肠癌进展潜在机制的新疗法。研究[3]证实,长链非编码RNA (lncRNA)广泛参与关键的生理病理过程,例如细胞增殖和凋亡、细胞生长和衰老以及免疫激活或失活,并且与肿瘤等疾病的发生和发展密切相关。lncRNA发挥作用的明确机制之一是通过与竞争性内源RNA(ceRNA)竞争海绵微小RNA(miRNA), 从而影响其调节功能[4]。miRNA是长度约22个核苷酸的非编码小RNA, 通过直接结合特定靶基因的3′UTR参与基因表达的调节,从而影响细胞分化、发育、凋亡、增殖和其他生物学活性[5]。研究[6]表明, lncRNA GATA3-反义RNA 1(lncRNA GATA3-AS1)是一种新的反义基因,与GATA3共享启动子区域,是GATA3高效转录所必需的。lncRNA GATA3-AS1已被证实是胰腺癌[7]、肝癌[8]的致癌基因,然而lncRNA GATA3-AS1在结直肠癌中的表达水平和功能尚未明确。微小RNA-574-3p(miR-574-3p)在结直肠癌组织中表达下调,可作为结直肠癌的新型候选治疗剂[9], 但其与lncRNA GATA3-AS1的关系尚未明确。本研究观察结直肠癌组织中lncRNA GATA3-AS1的表达情况,并探讨lncRNA GATA3-AS1在结直肠癌细胞SW620增殖、迁移和侵袭中的作用与机制,以期明确lncRNA GATA3-AS1在结直肠癌中的生物学作用及可能涉及的miRNA调节机制。
1. 材料与方法
1.1 主要材料
收集2019年8月—2021年10月在本院进行手术切除的43例结直肠癌患者(男29例,女14例,均未接受过任何相关性治疗)的结直肠癌组织和癌旁组织,所有组织储存于-80 ℃环境。本研究经医院伦理委员会审核批准,且所有患者知情同意。
结直肠癌细胞株SW620(美国类型培养物保藏中心), Lipofectamine 2000试剂、Super Script第一链cDNA试剂盒(美国Invitrogen), SYBR Premix ExTaq Ⅱ试剂盒(大连宝生物工程), Taq Man microRNA试剂盒(美国Applied Biosystems),细胞计数试剂盒8(CCK-8)(日本Dojindo), si-NC、si-GATA3-AS1、miR-NC、miR-574-3p模拟物、anti-miR-NC、anti-miR-574-3p、pcDNA、pcDNA-GATA3-AS1(上海GenePharm), pmirGLO载体、双荧光素酶报告基因检测试剂盒(美国Promega), 二辛可宁酸(BCA)蛋白测定试剂盒(上海碧云天),聚偏氟乙烯(PVDF)膜(美国GE Health), 抗E-cadherin抗体、抗N-cadherin抗体(美国Abcam), Matrigel(美国BD Biosciences)。
1.2 细胞培养与分组处理
将结直肠癌细胞SW620培养于含10%胎牛血清的RPMI-1640培养基,置于37 ℃、5%CO2的培养箱中。将SW620细胞分为si-NC组、si-GATA3-AS1组、miR-NC组、miR-574-3p组、si-GATA3-AS1+anti-miR-NC组、si-GATA3-AS1+anti-miR-574-3p组。根据Lipofectamine 2000试剂说明步骤进行转染,在6孔板中接种1×105个SW620细胞,待其融合至约70%时,分别用si-NC、si-GATA3-AS1、miR-NC、miR-574-3p模拟物、anti-miR-NC与si-GATA3-AS1、anti-miR-574-3p与si-GATA3-AS1转染48 h, 后续进行细胞评价。
1.3 逆转录-定量聚合酶链反应(RT-qPCR)检测lncRNA GATA3-AS1和miR-574-3p表达
根据制造商Invitrogen的说明,使用Trizol试剂从结直肠癌组织、癌旁组织和结直肠癌细胞SW620中提取总RNA。使用Super Script第一链cDNA试剂盒将合格的RNA[260 nm与280 nm处光密度(OD)比值(OD260 nm/280 nm)为1.8~2.0]转化为cDNA。使用SYBR Premix ExTaq Ⅱ试剂盒在Applied Biosystems 7500实时PCR系统上进行qPCR, 以GAPDH量化lncRNA GATA3-AS1的相对表达。miR-574-3p水平使用Taq Man microRNA试剂盒按照制造商的说明进行检测,以U6量化miR-574-3p的相对表达。使用2-△△Ct方法计算相对表达量。引物序列: lncRNA GATA3-AS1正向5′-TTGTTCCCTCTTCGCTCCT-3′, 反向5′-TTGTTCCTTCACCGCATG-3′; miR-574-3p正向5′-ATCGGAAGTTGAGTGAGCCGCGTC-3′, 反向5′-GCCGTGAGTCAGGAGTGGT-3′。GAPDH正向5′-AGAACGGGAAGCTTGTCATC-3′, 反向5′-CATCGCCCCACTTGATTTTG-3′。U6正向5′-GCTTCGGCAGCACATATACTAAAAT-3′, 反向5′-CGCTTCAGAATTTGCGTGTCAT-3′。
1.4 CCK-8法检测细胞增殖活性
转染后,在96孔板中接种1×104个SW620细胞。孵育48 h后,加入10 μL CCK-8溶液, 37 ℃保持1 h。通过Synergy H4多功能酶标仪检测450 nm波长处OD(OD450 nm)。
1.5 克隆形成实验检测细胞克隆形成数
转染后,在6孔板中接种200个SW620细胞。孵育14 d后,将细胞用4%甲醛37 ℃固定10 min, 0.5%结晶紫37 ℃染色15 min, 于显微镜下观察细胞克隆形成数。
1.6 细胞划痕实验检测划痕愈合率
通过细胞划痕实验评估SW620细胞的体外迁移能力。转染后,将1×105个细胞接种到6孔板中,待细胞融合成单层,用移液器吸头垂直刮擦细胞单层。用磷酸盐缓冲液洗涤后,继续培养24 h。使用显微镜观察0 h和24 h的划痕,通过ImageJ图像分析软件检测划痕愈合率。
1.7 Transwell实验检测细胞侵袭能力
37 ℃条件下,用30 μg Matrigel对Transwell腔室膜预处理30 min, 形成重建的基底膜。将1×105个结直肠癌细胞(置于200 μL不含胎牛血清的RPMI-1640中)接种到Transwell腔室的上孔,下孔填充600 μL含有10%胎牛血清作为趋化剂的RPMI-1640。孵育48 h后,将细胞在4%甲醛中固定30 min, 然后用结晶紫染色15 min。用湿棉签小心地从Transwell上表面(内部)去除非侵袭细胞,用显微镜(放大倍数200倍)对侵袭细胞进行计数。
1.8 蛋白质印迹法(Western blot)检测迁移侵袭相关蛋白E-cadherin和N-cadherin表达
转染后,将SW620细胞在冰上裂解缓冲液中裂解,再将裂解液进行离心(10 min, 12 000转/min, 4 ℃), 并进行BCA法定量。总蛋白通过8%~12%十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)分离,样品在转移缓冲液中电转移到PVDF膜上。将PVDF膜用5%脱脂牛奶于37 ℃封闭2 h, 4 ℃条件下与抗E-cadherin(1∶1 000)、抗N-cadherin(1∶1 000)和抗GAPDH(1∶2 000)抗体孵育过夜。然后,将条带与HRP偶联的山羊抗兔IgG于37 ℃孵育2 h,通过增强化学发光检测系统对条带进行可视化。
1.9 双荧光素酶报告基因实验检测lncRNA GATA3-AS1与miR-574-3p的靶向关系
运用生物信息学软件LncBase Predicted v. 2预测lncRNA GATA3-AS1与miR-574-3p的靶向结合关系。将含有miR-574-3p潜在位点的lncRNA GATA3-AS1野生型(WT)或突变型(MUT)序列插入到pmirGLO载体中,合成WT-GATA3-AS1或MUT-GATA3-AS1。将1×104个SW620细胞接种到6孔板中,并使用Lipofectamine 2000将WT-GATA3-AS1或MUT-GATA3-AS1与miR-574-3p模拟物或对照miR-NC共转染。转染48 h后,收获细胞,使用双荧光素酶报告基因检测试剂盒检测荧光素酶活性。另向SW620细胞中分别转染pcDNA、pcDNA-GATA3-AS1、si-NC、si-GATA3-AS1,分别设为pcDNA组、pcDNA-GATA3-AS1组、si-NC组、si-GATA3-AS1组, 48 h后通过RT-qPCR检测miR-574-3p表达。
1.10 统计学分析
采用SPSS 22.0软件分析数据,计量资料以(x±s)描述, 2组间数据比较采用t检验, P < 0.05为差异有统计学意义。
2. 结果
2.1 lncRNA GATA3-AS1和miR-574-3p在结直肠癌组织中的表达
结直肠癌组织中lncRNA GATA3-AS1表达量高于癌旁组织(增加约3.24倍), miR-574-3p表达量低于癌旁组织(减少约0.62倍),差异有统计学意义(P < 0.05), 见表 1。
表 1 lncRNA GATA3-AS1、miR-574-3p在结直肠癌组织和癌旁组织中的表达(x±s)组织 n lncRNA GATA3-AS1 miR-574-3p 癌旁组织 43 1.00±0.08 1.00±0.05 结直肠癌组织 43 4.24±0.30* 0.38±0.04* lncRNA GATA3-AS1: 长链非编码RNA GATA3-反义RNA 1; miR-574-3p: 微小RNA-574-3p。与癌旁组织比较, *P < 0.05。 2.2 干扰lncRNA GATA3-AS1表达对结直肠癌细胞SW620增殖能力的影响
si-GATA3-AS1组SW620细胞中lncRNA GATA3-AS1表达量、细胞增殖活性和克隆形成数均低于si-NC组,差异有统计学意义(P < 0.05), 见图 1、表 2。
表 2 干扰lncRNA GATA3-AS1表达对结直肠癌细胞SW620增殖能力的影响(x±s)组别 n lncRNA GATA3-AS1 OD450 nm 细胞克隆形成数/个 si-NC组 3 1.00±0 1.03±0.08 86.66±6.53 si-GATA3-AS1组 3 0.24±0.02* 0.51±0.04* 37.33±3.65* OD450 nm: 450 nm波长处光密度。与si-NC组比较, *P < 0.05。 2.3 干扰lncRNA GATA3-AS1表达对结直肠癌细胞SW620迁移和侵袭能力的影响
si-GATA3-AS1组SW620细胞的划痕愈合率、侵袭细胞数和N-cadherin蛋白表达量均低于si-NC组,而E-cadherin蛋白表达量高于si-NC组,差异有统计学意义(P < 0.05), 见图 2、表 3。
表 3 干扰lncRNA GATA3-AS1表达对SW620细胞迁移和侵袭能力的影响(x±s)组别 n 划痕愈合率/% 侵袭细胞数/个 E-cadherin蛋白 N-cadherin蛋白 si-NC组 3 70.78±6.13 107.33±10.62 0.19±0.02 0.73±0.06 si-GATA3-AS1组 3 29.31±2.11* 51.66±4.81* 0.59±0.04* 0.28±0.03* 与si-NC组比较, *P < 0.05。 2.4 lncRNA GATA3-AS1靶向调控miR-574-3p的表达
LncBase Predicted v.2预测结果显示, lncRNA GATA3-AS1与miR-574-3p含有互补配对的碱基序列,见图 3。miR-574-3p模拟物与WT-GATA3-AS1共转染的荧光素酶活性低于miR-NC与WT-GATA3-AS1共转染,差异有统计学意义(P < 0.05), 但miR-574-3p模拟物或miR-NC分别与MUT-GATA3-AS1共转染的荧光素酶活性比较,差异无统计学意义(P=0.850), 见表 4。pcDNA组、pcDNA-GATA3-AS1组、si-NC组、si-GATA3-AS1组SW620细胞中miR-574-3p表达量分别为(1.00±0)、(0.41±0.05)、(0.98±0.06)、(2.84±0.24), pcDNA-GATA3-AS1组miR-574-3p表达量低于pcDNA组, si-GATA3-AS1组miR-574-3p表达量高于si-NC组,差异均有统计学意义(P < 0.05)。
表 4 双荧光素酶报告基因实验检测结果(x±s)转染物 n WT-GATA3-AS1 MUT-GATA3-AS1 miR-NC 3 0.97±0.06 0.99±0.07 miR-574-3p模拟物 3 0.35±0.03* 0.98±0.05 与miR-NC比较, *P < 0.05。 2.5 miR-574-3p过表达对结直肠癌细胞SW620增殖、迁移和侵袭能力的影响
miR-574-3p组SW620细胞的miR-574-3p表达量高于miR-NC组,细胞增殖活性、克隆形成数、划痕愈合率、侵袭细胞数和N-cadherin蛋白表达量均低于miR-NC组, E-cadherin蛋白表达量高于miR-NC组,差异有统计学意义(P < 0.05), 见图 4、表 5。
表 5 miR-574-3p过表达对结直肠癌细胞SW620增殖、迁移和侵袭能力的影响(x±s)组别 n miR-574-3p OD450 nm 细胞克隆形成数/个 划痕愈合率/% 侵袭细胞数/个 E-cadherin蛋白 N-cadherin蛋白 miR-NC组 3 1.00±0 1.02±0.07 89.66±7.03 71.84±6.12 108.66±11.61 0.16±0.02 0.75±0.05 miR-574-3p组 3 2.78±0.25* 0.60±0.06* 43.66±4.33* 32.58±3.17* 59.33±4.94* 0.51±0.04* 0.32±0.04* 与miR-NC组比较, *P < 0.05。 2.6 抑制miR-574-3p表达对干扰lncRNA GATA3-AS1表达的SW620细胞增殖、迁移和侵袭的影响
si-GATA3-AS1+anti-miR-574-3p组SW620细胞的miR-574-3p表达量低于si-GATA3-AS1+anti-miR-NC组,细胞增殖活性、克隆形成数、划痕愈合率、侵袭细胞数和N-cadherin蛋白表达量均高于si-GATA3-AS1+anti-miR-NC组, E-cadherin蛋白表达量低于si-GATA3-AS1+anti-miR-NC组,差异有统计学意义(P < 0.05), 表明抑制miR-574-3p表达逆转了干扰lncRNA GATA3-AS1表达对结直肠癌SW620细胞增殖、迁移和侵袭的作用,见图 5、表 6。
表 6 抑制miR-574-3p表达对干扰lncRNA GATA3-AS1表达的SW620细胞增殖、迁移和侵袭的影响(x±s)组别 miR-574-3p OD450 nm 细胞克隆形成数/个 划痕愈合率/% 侵袭细胞数/个 E-cadherin蛋白 N-cadherin蛋白 si-GATA3-AS1+anti-miR-NC组 1.00±0 0.50±0.04 35.99±3.39 27.92±2.49 49.33±4.11 0.58±0.05 0.27±0.03 si-GATA3-AS1+anti-miR-574-3p组 0.42±0.04* 0.88±0.07* 74.44±6.61* 61.34±5.11* 87.44±6.62* 0.28±0.03* 0.61±0.05* 与si-GATA3-AS1+anti-miR-NC组比较, *P < 0.05。 3. 讨论
将合适的lncRNA作为诊断生物标志物或干预靶点,或可为结直肠癌的诊断和治疗提供新的思路。CONTRERAS-ESPINOSA L等[10]利用转录组分析将lncRNA GATA3-AS1鉴定为与局部晚期乳腺癌患者新辅助化疗耐药相关的lncRNA。ZHU Y P等[11]发现, lncRNA GATA3-AS1在人膀胱癌组织中显著上调。lncRNA GATA3-AS1在胰腺癌[7]、肝癌[8]和三阴性乳腺癌[12]组织和细胞中过表达,敲低lncRNA GATA3-AS1可抑制胰腺癌、肝癌和三阴性乳腺癌细胞增殖,并减弱胰腺癌细胞侵袭能力和肝癌细胞迁移能力。本研究发现,结直肠癌组织中lncRNA GATA3-AS1表达显著上调,提示其异常表达可能有助于结直肠癌的进展(类似其在胰腺癌、肝癌和三阴性乳腺癌中的致癌作用)。为了更好地了解lncRNA GATA3-AS1在结直肠癌中的生物学作用,本研究进一步开展体外细胞实验,发现干扰结直肠癌细胞SW620中lncRNA GATA3-AS1表达能明显抑制细胞增殖活性和克隆形成、迁移、侵袭能力,下调N-cadherin表达和上调E-cadherin表达,表明干扰lncRNA GATA3-AS1表达可抑制结直肠癌细胞SW620的迁移和侵袭能力。由此证实, lncRNA GATA3-AS1作为致癌基因而加速结直肠癌的进展。
据报道, miR-574-3p可在上皮性卵巢癌[13]、食管癌[14]和肝癌[15]中充当抗肿瘤因子,抑制癌细胞增殖和转移。miR-574-3p在结直肠癌组织中低表达,上调其表达可抑制结直肠癌细胞的增殖和迁移,促进细胞凋亡[16]。miR-574-3p在卵巢癌组织和细胞中低表达,过表达miR-574-3p可抑制卵巢癌细胞增殖、迁移和侵袭[17]。miR-574-3p过表达上调了胃癌细胞中E-cadherin的表达,同时下调了波形蛋白的表达[18]。本研究结果显示, miR-574-3p在结直肠癌组织中表达降低,且miR-574-3p过表达可抑制结直肠癌细胞SW620的增殖、迁移和侵袭能力,表明miR-574-3p在结直肠癌进展中起抑制作用。
lncRNA作为特定miRNA的ceRNA, 可调节基因表达[19]。例如, LINC00997通过与miR-574-3p相互作用,可促进宫颈癌细胞增殖、迁移、侵袭和自噬[20]。lncRNA ZEB2-AS1通过miR-574-3p/HMGA2轴促进食管鳞状细胞癌细胞的增殖、迁移和侵袭[21]。为了深入了解lncRNA GATA3-AS1的潜在调控机制,本研究通过生物信息学软件预测了miR-574-3p与lncRNA GATA3-AS1的靶向关系,发现两者含有互补配对的碱基序列,且该结果得到双荧光素酶报告基因实验的证实。本研究中,结直肠癌细胞SW620中lncRNA GATA3-AS1可负向调控miR-574-3p的表达,这意味着lncRNA GATA3-AS1可直接结合miR-574-3p, 并破坏miR-574-3p的稳定性。本研究还发现,抑制miR-574-3p表达后,干扰lncRNA GATA3-AS1表达抑制结直肠癌细胞SW620增殖、迁移和侵袭的结果被逆转。由此表明, lncRNA GATA3-AS1在结直肠癌细胞SW620中充当miR-574-3p的ceRNA, 从而发挥对结直肠癌细胞增殖、迁移和侵袭的调控作用。
综上所述, lncRNA GATA3-AS1在结直肠癌中表达上调,可通过调控miR-574-3p促进结直肠癌细胞SW620的增殖、迁移和侵袭,提示lncRNA GATA3-AS1可能作为癌基因在结直肠癌中发挥作用,具有作为结直肠癌诊断生物标志物的潜在价值。
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表 1 暴露因素与结局数据的基本信息
暴露因素/结局 数据来源 样本量/例 单核苷酸多态性数量/个 样本种族来源 性别 数据公布年份 社会压力 ukb-b-9667 459 742 9 851 867 欧洲 男/女 2018 耳鸣 ukb-d-4803_14 117 882 13 567 874 欧洲 男/女 2018 表 2 3种孟德尔随机化分析方法的结果
方法 单核苷酸多态性数量/个 β SE P OR MR-Egger回归法 10 0.363 0.435 0.428 1.438 加权中位数法 10 0.242 0.137 0.078 1.274 逆方差加权法 10 0.224 0.107 0.036 1.251 表 3 与社会压力相关工具变量的特征
单核苷酸多态性 基因位置 染色体 等位基因 SE β P EAF F EA OA rs72668117 3722721 1 A G 0.002 32 0.013 51 6.00E-09 0.021 06 33.832 87 rs359234 60471409 2 G C 0.000 69 0.004 43 1.40E-10 0.620 15 41.145 87 rs10935037 132650822 3 C A 0.000 67 -0.003 81 1.30E-08 0.510 09 32.383 25 rs73128428 39308367 7 T C 0.000 93 -0.005 29 1.30E-08 0.152 33 32.334 06 rs34883191 47261533 14 T G 0.000 67 -0.003 66 4.70E-08 0.521 63 29.827 52 rs4906365 104229230 14 C G 0.000 68 0.003 95 6.00E-09 0.419 09 33.821 93 rs6496749 91552003 15 T C 0.000 86 0.004 77 2.80E-08 0.186 64 30.813 01 rs2884737 31105554 16 C A 0.000 76 -0.004 25 2.70E-08 0.255 00 30.939 21 rs12923462 10328558 16 G A 0.000 70 0.003 97 1.60E-08 0.641 75 31.975 96 rs784220 53349931 18 C G 0.000 95 0.005 51 7.10E-09 0.855 89 33.499 32 表 4 社会压力与耳鸣的敏感性分析结果
方法 异质性检验 水平多效性检验 Cochran′s Q P 截距 P 逆方差加权法 6.666 0.672 — — MR-Egger回归法 6.557 0.585 -0.001 0.750 -
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